常見的出口檢驗檢疫證書格式包括《檢驗證書》《衛生證書》《健康證書》《獸醫（衛生）證書》《動物衛生證書》《植物檢疫證書》《熏蒸/消毒證書》等，這些證書在貨物清關、貿易結匯等環節發揮著重要作用。
《檢驗證書》適用于出境貨物（含食品）的品質、規格、數量、重量、包裝等檢驗項目。該證書的名稱可籠統地寫為《檢驗證書》，也可根據信用證等要求，選擇《品質證書》《重量證書》《數量證書》《鑒定證書》等名稱，但證明的內容應與證書名稱基本一致。在同時證明多個內容時，可合并出證，如《重量/數量證書》。
《衛生證書》適用于經檢驗符合衛生要求的出境食品以及其他需要實施衛生檢驗的貨物。該證書一般對該批貨物及其生產加工、貯運的衛生狀況進行衛生評價，或者對貨物藥殘、農殘等作定量分析等。
《健康證書》適用于食品以及用于食品加工的化工產品、紡織品、輕工產品等與人、畜健康有關的出境貨物。該證書與《衛生證書》一樣，對于需經輸入國家/地區衛生注冊的貨物，證書中“加工廠名稱、地址和編號”一定要與其政府機構衛生注冊并公布的內容一致。
《獸醫（衛生）證書》適用于符合輸入國家或地區與中國有檢疫規定、雙邊檢疫協定以及貿易合同要求的出境動物產品。該證書一般證明該批貨物系來自安全非疫區的動物，動物屠宰前后經官方獸醫檢驗認為健康，適合人類食用。其中，對輸往俄羅斯的肉類及皮革等動物性原料，應出具中俄雙語格式證書。
《動物衛生證書》適用于符合輸入國家或者地區與中國有檢疫規定、雙邊檢疫協定以及貿易合同要求的出境動物，出境旅客攜帶的符合檢疫要求的伴侶動物，符合檢疫要求的供港澳動物。該證書須由海關總署授權并向國外推薦備案的簽證獸醫官簽署后方可使用。
《植物檢疫證書》適用于符合輸入國家或地區以及貿易合同簽訂的檢疫要求的出境植物、植物產品、含有植物源性原材料產品以及其他檢疫物（植物性包裝鋪墊材料、植物性廢棄物等）。該證書與《動物衛生證書》類似，須由簽證植物檢疫官手簽后使用。
《熏蒸/消毒證書》適用于經檢疫處理的出入境動植物及其產品、包裝材料、廢舊物品、郵寄物、裝載容器（包括集裝箱）及其他需檢疫處理的物品等。例如，貨物在裝運過程中經常使用木托盤、木箱等包裝材料，在其出口到相關國家/地區時，往往需要提供該證書，以此證明該批貨物及其木質包裝已經過藥物熏蒸/消毒處理。